Весь месяц летней школы делится на пять шестидневных промежутков, «циклов». Цикл представляет собой пять дней, когда читаются курсы и выходной, когда по этим курсам нужно сдавать зачеты и можно отдохнуть. В третьем цикле у школьников биологического отделения проходит полевая практика, у других отделений это время может быть посвящено походу или научной работе, при желании в течение полевого цикла школьник может присоединиться к другому отделению (согласовав это со своим куратором).

В конце каждого обязательного курса сдается экзамен (зачёт), обычно в устной, иногда — в письменной форме. В ходе экзамена от школьника требуется продемонстрировать не только успешное воспроизведение материала во всех подробностях, но и свободное использование этого материала при решении творческих задач, способность свободно рассуждать на предложенную тему с использованием материала данного курса, а также всех ранее изученных учебных курсов, высказывать разумные гипотезы о ходе и особенностях биологических явлений, не обсуждавшихся в рамках изученной программы, но как-то с ней связанных.

Школьник, принявший участие в какой-либо Школе, допускается на собеседование по набору в следующую Школу только после сдачи на положительные оценки всех экзаменов за предыдущую Школу. Получается, что уровень знаний, достигнутый школьником в ходе обучения на данной Школе, контролируется дважды: на экзаменах по каждому учебному курсу в ходе этой Школы, и на собеседовании по набору в следующую Школу.